مدرسه‌ی علمیه‌ی فاطمهالزهرا(س)به حول و قوه‌ی الهی و با عنایات حضرت بقیهالله الأعظم (روحی فداه) از سال ۱۳۵۱ه.ش فعّالیت‌های خود را با دایر نمودن کلاس‌های حوزوی آغاز نمود. در ابتدا قرآن، احکام، اخلاق، عربی، تفسیر قرآن، نهج‌البلاغه و تعلیم و تربیت تدریس می‌شد و به تدریج پس از تصویب تأسیس مدرسه در تاریخ ۱۷/۱/۸۱ توسّط کمیسیون صدور مجوّز مرکز مدیریت حوزه‌‌های علمیه‌ی خواهران، توانمندی‌های علمی، اجرایی این مکان مورد تأیید قرار گرفت و دوره‌های آموزشی به شکل مدوّن و کلاسیک در قالب دروس پنج ساله‌ی عمومی ارائه گردید که نتیجه‌ی آن تا به امروز انجام وظیفه و خدمت به طلّاب خواهر در قالب چهار بخش آموزشی، پژوهشی، فرهنگی و اداری مالی به طور مستمر بوده که بحمدالله در سطح آموزش این علوم گام‌های مؤثّری در جهت ارتقای معلومات دینی و مذهبی، سیاسی و اجتماعی جامعه‌ی زنان برداشته است.
بخش آموزش
بخش آموزش مدرسه از بدو تأسیس یعنی سال ۱۳۵۱ با همّت والا و دستان پرتوان عالمه‌ی فرزانه استاد طاهایی(ره) بنیان‌گذار و مؤسّس مدارس نرجس(س) به شکل محدود با تعداد اندکی از علاقه‌مندان و دلدادگان علوم دینی به مدیریت خانم خجسته(ره) و با فاصله‌ی اندک به مدیریت عالمه‌ی فاضله استاد فاطمه اعتمادی(ره) شروع به کار نمود و در واقع در کنار آموزش علوم دینی نقش تربیتی و پژوهشی چشمگیری دوشادوش یکدیگر ایفا نمود.
در این مدرسه واحدهای درسی تحت عناوینی همچون: تفسیر، قرآن، نهج‌البلاغه، علوم قرآن و حدیث، فقه و اصول، اخلاق، منطق، اقتصاد، ادبیات عرب، عقاید و کلام اسلامی، حقوق خانواده، سیاست، سیره‌ی معصومین(ع) و… ارائه گردید.
پس از گذشت سال‌ها در اثر تلاش و پشتکار بی‌شائبه و اخلاص استاد اعتمادی(ره) مشتاقان زیادی جهت فراگیری علوم و معارف جذب این مکان شدند به گونه‌ای که این روند افزایشی در آخرین سال حیات این بانوی عالمه به مرز ۳۵۰ نفر رسید.
بخش پژوهش
مدرسه در عرصه‌های تحقیق و پژوهش همگام با آموزش در دروس مختلف پیش رفت تا این که با فراهم آمدن امکانات و بستر مناسب، با تشکیل بخشی به نام پژوهش، در کنار آموزش از سوی مدیریت وقت مرحومه استاد اعتمادی(ره) ضروری به نظر رسید و در راستای همین امر از سال ۱۳۸۲ این بخش در مدرسه فاطمهالزهرا(س) توس به طور رسمی شروع به فعّالیت نمود. اهداف و سیاست‌های بخش پژوهش شامل:
۱. احیا و تقویت اصول و مبانی معارف اسلامی و ترویج آموزه‌های اهل بیت(ع).
۲. نهادینه‌کردن فرهنگ تحقیق و پژوهش بنیادی و کاربردی و پرورش محقّق.
۳. ایجاد پایگاه اطّلاع رسانی جهت دستیابی پژوهشگران و تعامل با مراکز پژوهشی دیگر.
بخش پژوهش دارای قسمت‌های مختلفی است از جمله خدمات پژوهشی و اطّلاع رسانی، امور پایان‌نامه و تحقیقات، نشریات، گروه‌های علمی و… .
از مهم‌ترین فعّالیت‌های پژوهش از بدو تأسیس برگزاری ۱۸ همایش، ۱۳ فراخوان مقاله، برگزاری ۱۶۰ جلسه‌ی علمی- پژوهشی، ۲۱۰ پایان نامه‌ی دفاع شده، انتشار ۳ اثر از آثار استاد اعتمادی و ۲ جلد کتاب چاپ شده از پایان نامه‌های اساتید مدرسه می‌باشد.
کتابخانه
کتابخانه‌ی مدرسه از همان ابتدای تأسیس مدرسه تشکیل گردید و به طور رسمی کار خود را از سال ۱۳۵۱ با ۶۰۰ جلد کتاب آغاز نمود و تا سال ۱۳۸۴ مجموعه کتب به حدود ۶۰۰۰ جلد رسید و این روند افزایش، ادامه داشت و در حال حاضر با بیش از ۱۲۰۰۰جلد کتاب در ۳۰ عنوان به فعالیت خود ادامه می‌دهد.
مکان کتابخانه ابتدا در ساختمان قدیم مدرسه در اتاقی به مساحت ۱۲ متر مربع بوده که بعد از احداث ساختمان جدید، کتابخانه نیز به این مکان انتقال یافت به گونه‌ای که هم اکنون سالنی به مساحت ۳۲/۱۲۱ متر مربع با ظرفیت سالن مطالعه برای ۵۰ نفر مشغول ارائه‌ی خدمات می‌باشد.
بخش فرهنگی
بخش فرهنگی مدرسه‌ی فاطمه الزهراء(س) نیز با هدف تحکیم بنیان‌های اعتقادی، ترویج مکارم اخلاقی و اعتلای فرهنگی، گسترش و نشر معارف عالیه‌ی اسلام به حول و قوّه‌ی الهی و ذیل توجّهات قطب عالم امکان حضرت ولی عصرS و عنایت مدیریت مدرسه مرحومه استاد اعتمادی فعّالیت خود را آغاز نمود. گرچه این بخش قبل از آن نیز به طور غیر رسمی یعنی همزمان با تأسیس مدرسه (سال ۱۳۵۱) فعّالیت‌های متعدد فرهنگی ـ تربیتی داشت.
واحدهای بخش فرهنگی عبارتند از: کانون قرآن و عترت، مشاوره‌های دینی و تربیتی، تبلیغات، واحد سمعی- بصری، بسیج طلّاب،کمیته‌ی بهداشتی و… .
نشریه‌ی ریحانه النبی(ص)
تاریخچه‌ی نوشتن و قلم زدن همراه با اندیشه‌ای والا و الهی و نیّتی خدایی خود معجزه‌ی است که اذهان خفته را بیدار می‌سازد. با این پشتوانه‌ی عظیم دینی و فرهنگی بود که در این خانه‌ی معنوی که با نام دخت گرامی پیامبر اسلام مزیّن است از سال ۱۳۷۹ حرکتی آغاز شد تا هم ادای دین به اسلام عزیز باشد و هم دیگران از آموخته‌های خود و سایرین در جهت ایجاد یک حرکت منسجم علمی، بهره‌مند شوند.
در طی چهار سال با همکاری تعدادی از طلّاب و اساتید مدرسه چند شماره از نشریه به صورت محدود و با نام‌های مختلفی چون: انصار الفاطمه، حضور، عطر یاس و خبرنامه به صورت تجربی منتشر شد تا این که در سال ۱۳۸۳ با نام ریحانه النبی و به حکم مدیریت محترمه‌ی وقت استاد اعتمادی و تأیید مدیر مسئول و سردبیر از طرف ایشان به همّت تعدادی از دوستان و طلّاب مدرسه‌ی علمیه الزهراء(س) توس پایه‌گذاری شد و بحمدلله تا کنون به حرکت رو به رشد خود ادامه داده و تعداد ۲۸ شماره از آن با عنوان فصلنامه‌ی مذهبی، اجتماعی، پژوهشی ریحانه النبی به چاپ رسیده است که به صورت الکترونیکی از طریق اتوماسیون اداری به همه مدارس خراسان ارسال می‌شود. در جهت نیل به اهداف فصلنامه، گروهی متعهّد به نام هیأت تحریریّه عهده‌دار بررسی مقالات و آثار مؤلفّان می‌باشند که اعضای آن از اساتید و فارغ التحصیلان محقّق مدرسه‌ی علمیه‌ی فاطمه الزهرا(س) توس می‌باشد.
مجتمع فرهنگی ثمانه
با توجّه به این‌که در مدارس علمیه‌ی خواهران برای پذیرش طلّاب شرط سنّی لحاظ می‌گردد و خیل عظیمی از خواهران مشتاق به تحصیل علوم دینی قادر به حضور در مدارس تحت پوشش مرکز مدیریت حوزه‌ی علمیّه‌ی خراسان نمی‌باشند، به نظر می‌رسید ارائه‌ی علوم و معارف دینی به صورت آزاد بتواند نیاز این عزیزان را تا حدودی مرتفع سازد. لذا این مجتمع فعّالیت خود را در سال۱۳۸۱ با تشکیل کلاس‌های قرآن و احکام و تفسیر آغاز نمود که خود مرحوم استاد اعتمادی ضمن تدریس مباحث تفسیری و نظارت مستقیم بر کلّیه‌ی فعّالیت‌ها، پس از مدّت کوتاهی برنامه‌ی درسی این گروه از طلاب را با بسته‌ی آموزشی جامعه الزهرا(س) قم هماهنگ نمودند و هم اکنون تعداد زیادی طلبه در این مکان مشغول به تحصیل حوزوی می‌باشند.
مدرسه علمیه‌ی الزهرا(س) چمن آباد خواف
این مدرسه در سال ۱۳۷۹ با عنایت الهی زیر نظر مدیریت وقت مدرسه‌ی فاطمه الزهراء(س) توس مرحومه استاد اعتمادی در حسینیه‌ی خواف با ۳۵ نفر طلبه فعّالیت‌های علمی، تربیتی را آغاز نمود. اکنون ساختمان فعلی مدرسه ۸۰۰ متر مربّع وسعت دارد و تا کنون تعداد زیادی طلبه در این مکان تربیت علمی و دینی شده‌اند. این مدرسه که از مدارس تحت پوشش مرکز مدیریت حوزه‌ی علمیه‌ی خراسان است. دارای بخش‌های مختلف آموزش، پژوهش، فرهنگی و… می‌باشد این مدرسه‌ی علمیه تا کنون در تربیت طلّاب پژوهشگر، اساتید، مبلّغین، مدرّس قرآن و ارائه‌ی تحقیقات پایانی موفّق بوده است.
